Oltre 5 chilometri di cunicoli e gallerie, più di 30 cisterne, preromane, romane e medievali., 500 pozzi di varie epoche formano il ricchissimo patrimonio sotterraneo della città. Un articolato sistema di architetture ipogee che percorrono il colle nel suo interno, creato nei secoli sfruttando in modo sapiente le caratteristiche geomorfologiche del terreno: le acque sorgive e le infiltrazioni delle piogge, incanalandosi nei cunicoli, hanno limitato l'erosione degli strati geologici dalla natura altamente instabile, e raccogliendosi nei pozzi e nelle cisterne hanno garantito le esigenze di approvvigionamento idrico. Questa vera e propria "città invisibile" è stata riscoperta grazie alla paziente attività di indagine del Gruppo Speleologico Tuderte che, in lunghi anni di impegno, utilizzando i classici strumenti della speleologia, ha finito con l'inventare un metodo esemplare di "speleologia urbana" in cui, alle battute esplorative sotterranee, si alternano ricerche di Archivio su documenti storici e cartografici. I risultati ottenuti sono davvero notevoli e di grande significato per la comprensione della vita architettonica, urbanistica e civile di Todi. L'Amministrazione Comunale, consapevole dell'altissimo valore storico, archeologico e topografico di questo patrimonio, si sta impegnando nella sua tutela e nella sua salvaguardia. Oltre agli interventi di risanamento del colle, effettuati col finanziamento di alcune leggi speciali, che hanno interessato anche il consolidamento di numerose strutture archeologiche, è stato di recente realizzato con il fondamentale contributo della Sovrintendenza Archeologica dell'Umbria, un importante lavoro di recupero che dà oggi la possibilità di visitare alcuni ambienti pertinenti alla grande cisterna presente sotto il lato ovest di Piazza del Popolo. Tali vani sono stati rintracciati casualmente in occasione dei lavori di restauro della soprastante tabaccheria Pazzaglia-Valentini, in concomitanza con le opere di consolidamento del colle. La costruzione è costituita da 12 vani a pianta rettangolare realizzati in opus caementicium senza rivestimento, tranne in un vano, e coperti da volte a botte, ciascuno dei quali misura ca. mt. 7,70x3,35x8,20. Gli ambienti, sulle cui pareti sono ancora visibili le tracce delle cassaforme lignee in cui veniva gettato il composto di malta e scaglie di pietra, comunicano fra di loro attraverso passaggi ad arco e presentano una o più aperture sulla volta dalle quali si poteva attingere l'acqua. Con le sue notevoli dimensioni la monumentale cisterna si sviluppa sotto il tratto iniziale di Via del Monte per poi proseguire sotto Via della Valle Inferiore e Via Mazzini, ed è perfettamente parallela al complesso  presente sotto il lato est della

medesima piazza, che si prolunga sotto il palazzo dei Priori e di cui si conosceva l'esistenza già nel medioevo.
Queste ultime cisterne, infatti, furono rinvenute nel 1262, come ricorda la Cronaca della egregia città de Tode scritta da Gianfabrizio Atti nel XVI secolo. Sono suddivise in 12 ambienti, solo 9 dei quali praticabili; le dimensioni medie dell'intera struttura sono di mt. 8 di altezza, mt. 8 di larghezza e mt. 30 di lunghezza, per una capacità di trentamila metri cubi di acqua destinata agli usi pubblici della città.
Il manufatto poggia su una base in opera cementizia resa impermeabile con un composto di materiali fittili e malta grassa. Sulla base si innestano le mura perimetrali e quelle divisorie fra i vani, anch'esse realizzate in opera cementizia. Il pavimento è in opus signinum e la copertura a volta è sempre realizzata in calcestruzzo. Al centro delle volte si aprono in ogni ambiente i pozzetti di aerazione e di attingimento.
La costruzione fu iniziata in epoca tardo repubblicana e proseguita con ampliamenti per circa un secolo, come indicherebbero i rivestimenti in blocchetti di calcarenite con ricorsi orizzontali in laterizio presenti nelle pareti di alcuni vani. Entrambe dovevano essere alimentate dalle acque sorgenti dalla sommità del colle, provenienti dalla zona della Rocca. Il recente rinvenimento del secondo gruppo di cisterne rappresenta un importante contributo alla conoscenza dell'area forense della città romana; è infatti ipotizzabile che le due costruzioni facessero parte di un unico progetto di sistemazione urbanistica legata all'impianto del foro, edificato su queste monumentali costruzioni che univano la funzionalità architettonica all'esigenza dell'approvvigionamento idrico cittadino.
La datazione dell'intero sistema è riferibile al I sec. a.C., quando la città di Todi divenne dapprima municipium, quindi Splendidissima Colonia.